بی تردید یکی از نقص های نظام آموزش فعلی، عدم محوریت پژوهش در آن اس. دانش آموز حتی در انتهای تحصیلات رسمی آموزش و پرورش نتوانسته روحیه خلاقانه و ابتکار خودر را شکوفا کند و در آستانه دانشگاه با روش تحقیق آشنا نیست و از این رو فارغ از موضوعات آموزش رسمی، در موضوعی که مورد علاقه خود است به تحقیق بپردازد. پژوهش در عین حال می تواند به عنوان شیوه اثرگذار یادگیری هم، مورد نظر باشد تا دانش آموز، به جای انفعال در فرآیند یادگیری به صورت فعالانه در آموزش مشارکت نماید. به همین دلیل در دبیرستان انرژی مثبت قرار بر این است که پژوهش محوری برای همه دانش آموزان و در همه فعالیت های مدرسه وجود داشته باشد.
پژوهش در دبیرستان انرژی مثبت همانند دبیرستان انرژی اتمی در قالب فعالیت عمومی و اختصاصی دنبال می شود. برگزاری دوره های ایده یابی و سمینار های آشنایی با حوزه های پژوهشی مهمترین فعالیت های عمومی در حوزه اختصاصی برگزار ی دوره های آمادگی شرکت در مسابقات پژوهشی در سطوح کشوری و جهانی در شاخه های رباتیک، ماشین های شیمیایی، نانو، ثبت ایده اختراع و … از مهمترین فعالیت های اختصاصی دبیرستان می باشد.