آموزش دروس رسمی آموزش و پرورش برای تمامی دانش آموزان اجباری بوده و پایه آموزش دبیرستان می باشد. برنامه آموزشی چهار روز دبیرستان مربوط به دروس رسمی است و برای تمام دانش آموزبه صورت یکسان برگزار می شود. دبیران دبیرستان انرژی مثبت و برنامه آموزشی این دبیرستان با دبیرستان سازمان انرژی اتمی ایران مشترک است.
اما با توجه به پتانسیل دانش آموزان ، پس از برگزاری دوره های آموزش و استعدادیابی دانش آموزان در یکی از گروههای المپیاد، کنکور و پژوهش شروع به فعالیت می کنند. دانش آموزان هر پایه به عضویت یکی از 11 کلاس تخصصی زیر در می آیند و دو روز در هفته به طور ثابت برنامه رشته تخصصی آنها آموزش داده می شود.