آموزش دروس رسمی آموزش و پرورش برای تمامی دانش آموزان اجباری بوده و پایه آموزش دبیرستان می باشد. برنامه آموزشی چهار روز دبیرستان مربوط به دروس رسمی است و برای تمام دانش آموزبه صورت یکسان برگزار می شود. دبیران دبیرستان انرژی مثبت و برنامه آموزشی این دبیرستان با دبیرستان سازمان انرژی اتمی ایران مشترک است.

اما با توجه به پتانسیل دانش آموزان ، پس از برگزاری دوره های آموزش و استعدادیابی دانش آموزان در یکی از گروههای المپیاد، کنکور و پژوهش شروع به فعالیت می کنند. دانش آموزان هر پایه به عضویت یکی از 11 کلاس تخصصی زیر در می آیند و دو روز در هفته به طور ثابت برنامه رشته تخصصی آنها آموزش داده می شود.

واحد کنکور:

• باشگاه زیر 100 ریاضی
• باشگاه زیر 100 تجربی

عضویت در یکی از گروههای تخصصی 11 گانه بالا برای دانش آموزان اجباری بوده و جزو برنامه آموزش دبیرستان به حساب می آید.

واحد المپیاد:

• المپیاد ریاضی
• المپیاد کامپیوتر
• المپیاد فیزیک
• المپیاد نجوم
• المپیاد شیمی
• المپیاد زیست شناسی
• المپیاد ادبی
• المپیاد سلول های بنیادی
• المپیاد زمین شناسی 
• المپیاد اقتصاد و مدیریت
• واحد پژوهش:

• تیم برنامه نویسی و شبیه سازی دوبعدی (ویژه رشته ریاضی)
• تیم ماشین های شیمیایی (ویژه رشته تجربی)